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Este otro tesoro estaba compuesto por miles de partituras de música barroca que durante siglos (después de la expulsión de la Compañía de Jesús de tierras americanas) fueron amorosamente guardadas del saqueo colonial por los cabildos indigenales (formas de gobierno indígena instauradas durante las misiones).
En muchos casos, músicos indígenas se encargaron de transcribir constantemente los folios originales, dañados por la humedad, los insectos y las altas temperaturas tropicales del lugar; en otros casos, las partituras originales fueron recuperadas ostentando ya un gran daño.
Los especialistas señalan que, en su género, el archivo de música misional que hoy se concentra en San Ignacio de Mojos es el archivo musical más grande de Latinoamérica. Consta de una colección de más de cuatro mil páginas y más de 260 títulos de música barroca compuesta por maestros jesuitas e indígenas durante el periodo misional.
En la década de 1990, el musicólogo polaco Piotr Nawrot y otros investigadores difundieron internacionalmente el valor de este archivo. En 2003 se inauguró el repositorio, con la restauración y la catalogación de los folios musicales guardados por los indígenas.
Las composiciones son en su mayoría música sacra para coro acompañada de orquesta. Actualmente, el cabildo indigenal y los maestros solfas siguen a cargo de salvaguardar esta colección y las obras se siguen interpretando en los servicios eclesiales. La escuela de música de San Ignacio de Mojos prosigue con la tradición musical iniciada durante las misiones jesuíticas, y cuenta con su propio coro y orquesta.
No tiene página web. Se encuentra en la población de San Ignacio de Mojos, en el Beni, en los predios de la iglesia.